Rửa sạch cá ngừ, cắt đôi quả chanh và xát lên cá nhằm loại bỏ mùi tanh và rửa sạch lại lần nữa. Cắt cá thành từng khúc vừa ăn. Ướp muối, tiêu vào cá, để khoảng 30 phút cho cá ngấm gia vị và để khi kho thì cá sẽ đậm đà và hấp dẫn hơn.
Sau khi ướp xong, thì bắc chảo lên bếp, cho dầu ăn vào rồi chiên sơ qua, đảm bảo hai mặt cá đều vàng đẹp mắt là được.
Bóc vỏ hành khô, rửa sạch rồi băm nhuyễn. Nhặt hành lá, rửa sạch rồi sắc khúc. Rửa sạch ớt, bỏ cuống và sắc lát.
Rửa thịt ba chỉ với nước muối pha loãng để bớt hôi, sau đó sắc thành từng miếng vừa ăn. Thêm vào chút tiêu và hành lá, trộn đều rồi để khoảng 20 phút.
Bắc chảo lên bếp, cho dầu ăn vào, đến khi dầu nóng lên thì cho hành khô vào phi thơm. Sau đó, cho thịt ba chỉ vào xào qua để thịt săn lại, thì múc ra chén và để riêng.
Bắc chảo khác lên bếp, đến khi chảo nóng lên thì cho ½ muỗng đường vào đảo liên tục và đều tay. Đến khi đường tan hết và có màu cánh gián đẹp mắt thì cho thêm nước dừa vào đun sôi rồi tắt bếp.
Xếp cá và thịt vào nồi, cho nước màu vào, đậy nắp lại và đun sôi. Lúc này bạn lật cá lên để cá ngấm gia vị, sau đó cho nước sôi vào và hạ nhỏ lửa. Nêm gia vị cho vừa ăn, cho thêm ớt vào (tùy theo khẩu vị của bạn), đậy nắp và tiếp tục nấu, cho đến khi nước cạn và còn sền sệt thì tắt bếp.